rstan がWindowsで動作しない問題の解決
知り合いから頼まれたので備忘録。Rなんて使うことない気がしますが。
- R-4.2.0 for Windows
- R Tools 4.2.0
- R Studio Desktop
- rstan
qiita.com
こちらの記事を参考に、RStanをインストール、サンプルを実行すると以下のエラーで落ちる。
> x <- rbinom(n = 100, size = 20, prob = 0.8)
> binomial_test <- "
+ data {
+ int N;
+ int n;
+ int x[n];
+ }
+ parameters {
+ real<lower=0, upper=1> p;
+ }
+ model {
+ x ~ binomial(N, p);
+ } "
> d <- list(N = 20, x = x, n = length(x))
> fit <- stan(
+ model_code = binomial_test ,
+ data= d)
make cmd is
make -f "C:/PROGRA~1/R/R-42~1.0/etc/x64/Makeconf" -f "C:/PROGRA~1/R/R-42~1.0/share/make/winshlib.mk" CXX='$(CXX14) $(CXX14STD)' CXXFLAGS='$(CXX14FLAGS)' CXXPICFLAGS='$(CXX14PICFLAGS)' SHLIB_LDFLAGS='$(SHLIB_CXX14LDFLAGS)' SHLIB_LD='$(SHLIB_CXX14LD)' SHLIB="file131459b7778.dll" WIN=64 TCLBIN= OBJECTS="file131459b7778.o"
make would use
if test "zfile131459b7778.o" != "z"; then \
if test -e "file131459b7778-win.def"; then \
echo g++ -shared -s -static-libgcc -o file131459b7778.dll file131459b7778-win.def file131459b7778.o -L"C:/rtools42/x86_64-w64-mingw32.static.posix/lib/x64" -L"C:/rtools42/x86_64-w64-mingw32.static.posix/lib" -L"C:/PROGRA~1/R/R-42~1.0/bin/x64" -lR ; \
g++ -shared -s -static-libgcc -o file131459b7778.dll file131459b7778-win.def file131459b7778.o -L"C:/rtools42/x86_64-w64-mingw32.static.posix/lib/x64" -L"C:/rtools42/x86_64-w64-mingw32.static.posix/lib" -L"C:/PROGRA~1/R/R-42~1.0/bin/x64" -lR ; \
else \
echo EXPORTS > tmp.def; \
nm file131459b7778.o | sed -n 's/^.* [BCDRT] / /p' | sed -e '/[.]refptr[.]/d' -e '/[.]weak[.]/d' | sed 's/[^ ][^ ]*/"&"/g' >> tmp.def; \
echo g++ -shared -s -static-libgcc -o file131459b7778.dll tmp.def file131459b7778.o -L"C:/rtools42/x86_64-w64-mingw32.static.posix/lib/x64" -L"C:/rtools42/x86_64-w64-mingw32.static.posix/lib" -L"C:/PROGRA~1/R/R-42~1.0/bin/x64" -lR ; \
g++ -shared -s -static-libgcc -o file131459b7778.dll tmp.def file131459b7778.o -L"C:/rtools42/x86_64-w64-mingw32.static.posix/lib/x64" -L"C:/rtools42/x86_64-w64-mingw32.static.posix/lib" -L"C:/PROGRA~1/R/R-42~1.0/bin/x64" -lR ; \
rm -f tmp.def; \
fi \
fi
Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) :
C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: file131459b7778.o:file131459b7778.cpp:(.text$_ZN3tbb8internal26task_scheduler_observer_v3D0Ev[_ZN3tbb8internal26task_scheduler_observer_v3D0Ev]+0x1d): undefined reference to `tbb::internal::task_scheduler_observer_v3::observe(bool)'C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: file131459b7778.o:file131459b7778.cpp:(.text$_ZN3tbb10interface623task_scheduler_observerD1Ev[_ZN3tbb10interface623task_scheduler_observerD1Ev]+0x1d): undefined reference to `tbb::internal::task_scheduler_observer_v3::observe(bool)'C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: file131459b7778.o:file131459b7778.cpp:(.text$_ZN3tbb10interface623task_scheduler_observerD1Ev[_ZN3tbb10interface623task_scheduler_observerD1Ev]+0x3a): undefined reference to `tbb::internal::task_scheduler_observer_v3::observe(bool)'C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: file131459b7778.o:file131459b7778.cpp:(.text$_ZN3tbb10interface623task_
Error in sink(type = "output") : invalid connection色々調べてると以下の情報を得た。
Error running Stan Model with rstan 2.21 and R 4.0.2 - RStan - The Stan Forums
As you all have noticed, there are a large number of people who are having problems with rstan 2.21.x on Windows.
というわけでrstanのバージョンを下げればとりあえず動く。
Rstanのバージョン一覧で2.21より前の最新は2.19.3なのでこれを入れる。
Index of /src/contrib/Archive/rstan
古いバージョンのインストール方法の参考:
https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/219949047-Installing-older-versions-of-packages
packageVersion("rstan") //2.21.3が入っていることを確認
detach("package:rstan", unload=TRUE) //アンロード
install.packages("devtools")
require(devtools)
install_version("rstan", version = "2.19.3", repos = "http://cran.us.r-project.org")
library(rstan)
packageVersion("rstan") //2.19.3を確認rstan 2.19.3をインストールした後はRstudioを再起動しないとうまく動作しなかった。
Rstudioを再起動してから再度Qiitaの記事のコードを実行すると問題なく動いた。
Makevars.winなどの修正はなしでとりあえず動いた。
